obr. – Černý kříž, mohyla Madlonova pluku

Třicetiletá válka v letech 1618 –1648 představovala značný zásah do života města. Hned na jejím počátku byly Rokycanským za účast v povstání zkonfiskovány vesnice Nadryby, Německá Bříza, Újezdec a Nynice, které byly postoupeny plaskému klášteru. Nejvíce bylo město poškozeno při švédském vpádu 23. – 25. října 1639, při němž byla zničena mj. radnice, kostel, škola a špitál. Tragickou událost třicetileté války představuje decimace Madlonova pluku v závěru roku 1642. Ten byl potrestán za dezerci v bitvě u Breitenfeldu. Právě v Rokycanech byl každý desátý vojín popraven, důstojníci byli odsouzeni k trestu smrti, který byl vykonán v Praze. Na památku této smutné události byl na Plzeňském předměstí zbudován Černý kříž, který dodnes připomíná hromadnou popravu vojáků.

Rokycany se z válečných škod vzpamatovaly poměrně rychle, velký podíl na tom mělo zejména železářství a také doly na železnou rudu, které se nacházely především u Klabavy a Ejpovic. Právě v Klabavě a později také v Borku byla soustředěna díky dostatečnému přísunu vody a surovin železářská výroba. Hospodářská situace města se postupně konsolidovala, opravovány byly obecní budovy (radnice, špitál, škola, kostely aj.), postaven byl pivovar za dnešním železničním viaduktem. V roce 1744 byl položen základní kámen ke kapli Navštívení Panny Marie na Vršíčku, která byla vybudována jako díkůvzdání za to, že se městu vyhnuly morové rány. Jejím stavitelem byl pravděpodobně Jan Mourek. V roce 1843, podle některých až o dva roky později, byly k Vršíčku vystavěny kamenné schody se jmény jednotlivých měšťanů, kteří na jejich stavbu finančně přispěli. Pověst o původu Vršíčku kouzelně přebásnil v únoru 1864 Gustav Adolf Erhart.

Vršíček
Gustav Adolf Erhart, 1864

Nad Klabavkou, v jejímž požehnaném klínu
tak bohatý leží božstva darů sklad,
tam v svatém klidném pahorečku stínu
přísahá lid božstvu chrámek zbudovat,
ve jménu Páně žehná lid zbožný sluha.
Pobožné písně kol černa kříže zní,
Bůh slyší jejich sliby a nad lidem ducha
vystoupí co spásy věčné znamení.

Z města nad Klabavou na pahorek svatý
s knězem lid spěchá za své hříchy želící
prosbou zbožna kněze zas na milost vzatý,
tak staví chrámek nebeské světici.
Vděčnosti slza hříšníků z oka kane,
a každý tu želí před Bohem svých vin,
nad lidem však věštbu nebes větřík vane,
že na milost vzat vrácený syn.

V brzku stojí kostelíček Marie Panny
a kněz klade oběť lidu na oltář
obětí díků, že Bůh v lásce svrchovaný
zas kraji obrátil svatou svoji tvář.
Na upomínku kruté návštěvy moru
kostel Navštívení Panny věnován,
a že nad údolím trůní na pahorku,
od lidu jest pak „Vršíček“ jmenován.

Nad Rokycany, co věrný kraje strážce
k nebi Vršíček teď a tři vížky ční
na vzpomínku, že Bůh věrný jest v své lásce,
že však je přísný v svém hněvu zjevení.
Když nové nad krajem se vztahují tíže,
Bůh se lidu zas v svém hněvu zjevuje,
tu kněz zbožným lidem od černého kříže,
na Vršíček k Marii Panně putuje.

Velkou pohromu pro Rokycany představovaly dva velké požáry v letech 1757 a 1784. Při druhém z nich bylo zničeno v podstatě celé město včetně obecních budov, radnice a kostela. Také proto je většina zdejších budov ve vnitřním městě mladšího data, přestože byly z větší části vystavěny na původních základech.